Die Verwendung isochroner Töne ist die jüngste und wirksamste Brainwave Entrainment Methode. Die Brainwave Musik sendet hierbei für das menschliche Ohr wahrnehmbare Töne gleicher Stärke in hohen Pulsgeschwindigkeiten. Will man zum Beispiel Gehirnwellen im Theta-Frequenzbereich von 5 Hz erzeugen, wird der Ton fünfmal in der Sekunde mit fünf entsprechend langen Pausen abgespielt. Im menschlichen Gehirn entsteht daraus durch dessen hervorragende Fähigkeit zur Synchronisierung die gewünschte 5 Hz Gehirnwelle.